سمهودى مى نویسد: بعید مى نماید كه على بن ابى طالب(علیه السلام) با توجه به اقامه نماز توسط پیامبر در محلى مشخص، خود محلى دیگر را براى این كار تعیین كرده باشد.

تردیدى نیست كه در زمان محاصره عثمان، امام على(علیه السلام) نماز عید را اقامه كرد. اما به احتمال، امام در همان نقطه اى كه پیامبر نماز خوانده، نماز را اقامه كرده است; چرا كه امام در این جهات، به شدّت از رسول خدا(صلى الله علیه وآله) پیروى مى كرد. به هر روى، از آنجا كه محراب مشخصى براى پیامبر(صلى الله علیه وآله) در این محدوده وجود ندارد، به احتمال حضرت در چند نقطه مناخه نماز را اقامه كرده است.

بناى نخست این مسجد را، طبق معمول، از زمان امارت عمربن عبدالعزیز مى دانند. طبیعى است در قرون بعد از آن، این بنا مكرّر تعمیر شده است; از جمله زین الدین ضیغم در سال 881 آن را بازسازى كرده است. در این اواخر، بناى كهن این مسجد تخریب و در سال 1411 از نو تجدید بنا گردید و مساحت فعلى آن 882 متر مربع است.